《方案》要求，实施停课的班级应立即报告当地疾病预防控制机构。当地疾病预防控制机构接到学校报告后，应立即组织调查核实，并采集患者标本进行检测。确认为甲型H1N1流感疫情的，应通知学校继续实施停课，停课期限一般为7天。排除甲型H1N1流感疫情的，学校可根据卫生部门建议予以复课。班级停课由学校和当地疾病预防控制机构共同决定实施，同时报上级主管教育行政部门备案。高校班级停课由高校自行决定。
《方案》对学校停课的要求为：如一所学校因急性呼吸道感染休息治疗的学生过多而影响学校正常教学活动时，当地卫生行政部门应组织专家组对疫情风险进行评估，并根据风险评估结果，会商当地教育行政部门，共同报请当地政府、甲型H1N1流感联防联控工作机制或防控指挥部同意后实施全校停课措施。
停课期限一般为7天。停课期限满后，如仍有急性呼吸道感染症状的学生，需症状完全消失24小时后方可恢复上课。